В данной статье на основе системного подхода анализируются современные проблемы системы управления в организациях и факторы их формирования. Рассматриваются организационные, экономические, социально-психологические, технологические и стратегические проблемы, возникающие в контексте глобализации, цифровой трансформации и интенсификации конкурентной среды, в их взаимосвязи со структурными подсистемами системы управления. В результате исследования обоснованы оптимизация структуры управления, совершенствование управленческих процессов, развитие кадрового потенциала и внедрение цифровых технологий как важные направления совершенствования системы управления.